脉动真空灭菌器和预真空灭菌器都是使用高温和压力进行的灭菌，利用高温使菌体蛋白质凝固或变性，酶失去活性，代谢发生障碍，致细菌死亡。热力灭菌法包括湿热灭菌法和干热灭菌法。热力灭菌方便、效果好、无毒，是医院消毒供应中心使用的主要灭菌方法。压力蒸汽灭菌方法是耐湿、耐热医疗器械的灭菌方法，这是二者的相同之处，但在灭菌过程中的原理和用途有些不相同。
一、原理不同
1、预真空压力蒸气灭菌器：利用高温高压蒸汽来实现灭菌的目的。
2、脉动真空压力蒸气灭菌器：通过多次交替对灭菌室抽取真空和充入蒸汽(使灭菌室达到一定的真空度后再充入饱和蒸汽)，终达到设定压力和温度，从而实现对耐高温耐湿物品进行灭菌处理的医疗器械。
二、用处不同
1、预真空压力蒸气灭菌器：设备全过程自动控制，严格按照GMP标准进行设计制造，具有真空高、高温快速灭菌后真空干燥等先进功能。
2、脉动真空压力蒸气灭菌器：用于医疗器具、手术器械湿热灭菌和灭菌后的干燥处理。按照容积可分为大型脉动真空灭菌器和小型脉动真空灭菌器。